Sery półmiękkie i miękkie z reguły nie są pakowane próżniowo. Ich termin przydatności do spożycia wydłużany jest poprzez pakowanie w atmosferze ochronnej MAP, składającej się najczęściej z mieszanki gazów 30% CO2 i 70% N2. Sprzedawane detalicznie gatunki takich serów zwykle pakowane są na tackach za pomocą maszyn poziomych typu flowpack. Sery miękkie typu Camembert oraz Brie zawierają żywą, oddychającą pleśń, tzw. „skórkę pleśniową”, która podczas oddychania wytwarza ditlenek węgla. W takich gatunkach należy umożliwić rozwój pleśni, ale w kontrolowanym tempie. Dzięki odpowiedniej folii o średniej przenikalności i wprowadzeniu gazu o niskiej zawartości CO2 możliwe jest uzyskanie dobrych rezultatów. W przypadku serów miękkich dojrzewających, głęboko pleśniowych, typu: Blue, Roquefort, Gorgonzola, technologia MAP nie jest zalecana. W procesie leżakowania sery tego typu są nakłuwane cienkimi igłami, aby ułatwić dostęp powietrza wspomagającego rozwój pożądanych pleśni i umożliwić opuszczenie zgromadzonego ditlenku węgla. Zastosowanie mieszaniny gazów CO2 z N2 zabiłoby pożyteczne pleśnie i zmieniło je w nieprzyjemny żółty nalot. W przypadku serów krojonych i tartych zastosowanie pakowania próżniowego spowodowałoby zestalenie produktu, dlatego też pakowane są w atmosferze gazów ochronnych MAP mieszanki 30% CO2 i 70% N2. Stosowanie większego stężenia CO2 może prowadzić do zapadania się opakowania z powodu pochłaniania ditlenku węgla przez ser. Niektórzy producenci stosują 100% N2. Sery tarte, sproszkowane to np. bardzo twarde sery typu Parmesan, Pecorino Romano, pakowane na maszynach typu pionowego, gdzie następuje formowanie torebki, zasypanie jej z góry produktem, omycie gazem i zgrzewanie. Ilość serów pakowanych w modyfikowanej atmosferze gazów w ostatnim czasie uległa zwiększeniu, z możliwością wprowadzenia na rynek wielu tradycyjnych i trudnych do zapakowania serów o długim okresie ich przydatności do spożycia. Zalety stosowania CO2 w przemysłowej produkcji serów podpuszczkowych wydają się znaczące, biorąc pod uwagę korzystny wpływ na jakość mikrobiologiczną tych produktów podczas przechowywania. W szczególności dotyczy to serów w plasterkach zarówno w sprzedaży hurtowej, jak i detalicznej. Wielu producentów sera, twarogu stosuje z powodzeniem CO2 w celu poprawy jakości i przedłużenia trwałości gotowego produktu.
