Na przełomie kilku lat udowodniono naukowo, że opakowania aluminiowe na bazie glinu, nie są całkowicie obojętne dla organizmu ludzkiego. Migracja glinu z opakowań do żywności zależy od czasu kontaktu z produktem, kwasowości roztworu oraz rodzaju towaru. Obecnie uważa się, że glin kumulowany w organizmie jest przyczyną m.in. choroby Alzheimera. Niektóre opakowania z tworzyw sztucznych zawierają czasami pozostałości substancji wyjściowej, np. chlorku winylu. Chlorek winylu, monomer, z którego otrzymuje się PVC, początkowo nie budził obaw i był uważany za substancję mało toksyczną. Obecnie w sposób bezsporny zostały udowodnione jego właściwości mutagenne i rakotwórcze. Do utwardzania polichlorku winylu wykorzystywane są również stabilizatory zawierające cynę. Pierwiastek ten również może przenikać do żywności pakowanej w PVC. Obecny stan techniki oraz duża konkurencja ze strony innych tworzyw spowodowały, że zawartość resztkowego monomeru w polimerze nie przekracza 2÷5 ppm. Mimo to PVC jest systematycznie wypierany jako materiał opakowaniowy przez inne tworzywa i obecnie stosowany jest głównie jako materiał konstrukcyjny. W przypadku pakowania żywności stosowany jest (coraz rzadziej) do pakowania towarów bardzo krótko przechowywanych, np. pieczywa, mięsa, serów, tak więc migracja chlorku winylu jest w praktyce wyeliminowana. W opakowaniach z polistyrenu może znajdować się styren, nadający opakowaniu charakterystyczny zapach, który może wnikać do żywności powodując zmianę naturalnie występującego lub nadanego podczas procesów technologicznych aromatów, np.: wędzonego mięsa, ryb, sera. Inny problem stanowi zawartość acetaldehydu w pojemnikach z polietylenu – wynosi on ok. 6 mg/kg, a jego średnia migracja osiąga poziom 200 μg/dm3.
Wszystkie wyżej wymienione związki mogą migrować do zapakowanej żywności, stwarzając zagrożenie dla zdrowia człowieka. Jednak migracja ta nie może przekroczyć dozwolonych limitów zawartych w przepisach Unii Europejskiej (Dyrektywa 94/62/EC wraz z uzupełnieniami) i musi być ściśle kontrolowana. Wykluczyć należy również zagrożenia związane z błędami w technologii wytwarzania tworzyw lub z zastosowaniem nieodpowiedniego surowca do ich produkcji, np.: surowca wtórnego. Jak zostało to wcześniej zaznaczone w artykule migracja substancji z opakowania do produktu żywnościowego może niekorzystnie wpłynąć i zmieniać jego cechy sensoryczne (cechy smakowo–zapachowe) oraz niekiedy wygląd (nieprawidłowa barwa zapakowanego wyrobu), co również dyskwalifikuje opakowanie. Toksyczność, m. in. rakotwórczość niektórych z tych substancji została stwierdzona w wielu badaniach laboratoryjnych a wartość ich migracji związana z wielkością ADI (ang. Acceptable Daily Intake – Akceptowalna Dawka Dzienna), jest w wielu przypadkach określana jako Limit Migracji Specyficznej – SML (ang. Specific Migration Limit).
